目前，通过基因工程表达得到的抗菌肽以高效的产业化生产满足了市场上饲料应用的需求，成为了健康养殖的新兴产品。但相对于天然提取的抗菌肽而言，基因工程合成的抗菌肽存在抗菌活性较差等问题，也制约着抗菌肽的实际应用和产业化生产。
天然抗菌肽在生物体内已经经过合成后加工修饰，具有一定的空间结构，而其抗菌活性与肽分子的空间结构密切相关。但天然抗菌肽来源有限，产量低，而且提取工艺复杂，成本昂贵，无法实现大规模生产。所以以酵母为基因工程受体菌的抗菌肽研究引起人们的重视。尽管基因工程获得的抗菌肽和天然抗菌肽的一级结构一致，但空间结构却与天然抗菌肽不尽相同，因此抗菌活性相对较差，并可以导致宿主细胞的自杀等问题。
此外，还需注意的是蛋白质类的抗菌肽在保存、运输、给药时极易变性失活，如何保持其活性也是需要进一步研究解决的问题。