酸解法除已披露的日本不二油脂株式会社外，大都使用于实验室。这种方法不符合现代绿色生产的要求。它的弱点是投资大，工艺复杂，环境污染大，工艺很难控制，生产的大豆多肽分子分布不均，极不稳定，产品质量也不稳定，生理功能很难确定。
碱解法据已披露的信息，基本都用于实验室。在实验室用于其他蛋白质的降解，分子量分布和氨基酸组成较好，但没有发现用于工业化生产。
电解法目前只见到理论文章，近来有披露和发现以此法生产大豆多肽的报道。
微生物发酵法目前我国有企业投资几个亿，用此法生产大豆多肽，这种大豆多肽分子量分布在3000以上，也属于大豆多肽。因多肽分子量在5000间～1000间都属于多肽范畴。但离大豆寡肽、小肽、微肽的活性、易吸收性、生理活性距离很大，所以，价格也很便宜。
酶解法酶解法使用的酶不同、酶的选择与配方不同、酶解的大豆蛋白质不同，所获得的大豆多肽的品质、分子量分布和氨基酸组成也大不相同。特别是制得的大豆多肽的生理功能也大不相同。目前酶法生产的大豆多肽，使用的动物酶有：胃蛋白酶、胰蛋白酶、细菌蛋白酶、霉菌蛋白酶；植物酶有：菠萝蛋白酶、无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶等等。随着科技的发展和生物酶技术的创新，还有很多酶将被不断发现和利用。用单纯的胰酶生产的大豆多肽有腥味和苦味；用胰酶和其他酶配方，要弄清配方中各种酶的特性、相互作用等，否则生产的大豆多肽达不到质量要求。