真核细胞生物基因复杂，基因不是生物功能的执行体，它总要表达为相应的蛋白质，而且，一般情况下，基因组只表达一部分基因，其表达类型与表达程度均受到生存环境及内在状态变化的影响而有较大差异。"因此，采用对一个基因组的全套蛋白质、一个细胞乃至一个组织的全套蛋白质的蛋白质组学研究方法，进行中医药学的理论与药物研究同样具有重要的意义。目前，高分辨率的双向电泳分离、图象数字化及质谱分析等蛋白质研究技术上的突破，为中医药学与蛋白质组学的结合研究奠定了基础。 研究道地药材的基因组特征，最终实现道地药材真伪鉴别系统及优良种系基因库标准基因图谱的建立，特别是对有效成分的研究，可为新药的研究提供先导化合物；对功能基因组顺序结构和调节机理的阐明，能够提高有效物质的产量和减除有害成分，还可用于转基因中药材的构建和解决濒危中药材的可持续应用