蛋白质的消化和吸收过程可以分为三个阶段，即腔内期、小肠粘膜期和转运、吸收期。在腔内期，蛋白质仅一小部分被胃蛋白酶水解为大小不一的多肽，大部分蛋白质经肠腔中胰液和小肠液的消化，形成的最终产物为少量游离氨基酸和大量寡肽。在小肠粘膜期，寡肽的消化吸收通过两种途径：一是粘膜上皮细胞表面刷状缘途径，完成氨基酸和肽的转运；二是细胞内途径，与肽的转运有关。小肠上皮细胞刷状缘和细胞浆富含肽酶，能逐步水解肽链氨基端的肽键，分解小肽和部分多肽。在小肠粘膜刷状缘上还发现能水解完整蛋白质和多肽的中性内肽酶，这表明即使在胰酶缺乏时刷状缘仍有能力水解和吸收一些相对较大的蛋白质分子。刷状缘膜上的各种载体转运使肽和氨基酸的最终消化和吸收成为可能。氨基酸通过需钠、耗能的主动转运而吸收；绝大部分寡肽不能直接吸收入血，约10％的二肽、60％的三肽和几乎全部三肽以上的寡肽需经刷状缘肽酶水解，最终形成游离氨基酸通过载体介导从底侧膜吸收入血；部分剩余的二肽、三肽可直接被转运入上皮细胞由细胞浆肽酶水解，这个过程称为二肽和三肽的原样转运；只有极少量二肽或三肽如含有甘氨酸、脯氨酸、羟脯氨酸的肽可不经肽酶水解直接吸收入血。